在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

调查报告单

1、从光敏锻炼受损细胞中获取DNA化学交联球胆固醇

要为拆分光交连淀粉酶质-DNA复合型物使用LC-MS了解，作著发掘好几个种性变纯化方案设计，可从DNA中清掉了交连淀粉酶质，仅在作用时开展随便遗传基因组碰到丰度DNA交连淀粉酶质。用TRIZOL获取刺绣质并清掉入狱获的非交连淀粉酶，但是将其开展容解以开展RNase肠蠕动。开展超声检查截取得到的淀粉酶质交连DNA的获取物，在硫氰酸胍中煮开性变，并在二氧化物硅离心分离柱上晕厥干洗以清掉了交连淀粉酶质难寻成功。开展核酸酶净化处理从DNA中释放出来光交连淀粉酶，并开展胰淀粉酶酶肠蠕动使用LC-MS了解。该技术名称为淀粉酶质交连DNA获取或XDNAX。

图1.血清质化学交联DNA添加或XDNAX步骤步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可简单使用DNA的血清质图谱

将光化学交联工艺使用于MCF7上皮人体细胞，遇到了1,805种得票率球球淀粉酶，当中1,191种长期存在于3个或更加次多个中。60%的DNA互为反应组含带核酸通过在一起的GO批注，在欠缺核酸通过在一起批注的球球核苷酸中，极大的提供出自于核纤层球球淀粉酶，后者是组织化染色剂质组织化和上皮人体细胞分列的球球核苷酸（图2）。

图2 . 可真接触碰 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3整理了DNA双方做用组所暗含的膳食纤维质-DNA对话框和其中包含的核苷酸交连肽。这还有犹豫（1）球状DNA紧密联系空间结构域、（2）DNA 紧密联系混乱区（IDR）和（3）犹豫与其他膳食纤维质（举例子组膳食纤维紧密联系膳食纤维）、RNA（举例子剪接成分）或相提取区室（举例子核仁膳食纤维）双方做用而出现的工作环境达到。

图3 . 可随便玩 DNA的设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值肿瘤细胞扰动阶段与DNA结合在一起的转录系数

雌性抗生素多巴胺受体α（ESR1）驻在胞质溶胶中，等你遭到其配体，激发易位到神经元核，在什么地方它与表观遗传组中的某一范围融入以激活码某一的转录环节。将血清饥饿的MCF7神经元曝露于高用药量雌性抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4五7分钟，与虚拟仿真整理的相较相对比较神经元相对比较这些的DNA上下级效应组（图4A）。当中，雌性抗生素有趣后DNA上下级效应组中的ESR1增多了30倍（图4B）。总的总体而言，在1,814个定量分析的血清质-DNA上下级效应中，约有9%体现出突破2倍的更为明显变换，并关注到与ESR1更具上下级效应的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌刺激素进行处理乳房增生癌组织细胞 DNA 共同功效组的降钙素原检测特别（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

调查开启什么是基因遗传组的淀粉酶质以熟知它是应该如何被读并付诸实操的，一种是科研工作工作人员一些长久的寻求。什么是基因遗传组可及性常见以DNA为中心局的的视角做调查，只不过，到现今截止，上色质凝胶的影响中的哪个淀粉酶质与DNA 出现电学共同影响尚不知晓。选择零相应光交连，可表明DNA共同影响组中的通常数淀粉酶质，XDNAX技术性将身为淀粉酶质-DNA共同影响调查的更强设备。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白酶质组学、掩盖组学、消化吸收组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

学习论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.